TuMS muudatusega seoses tehti sisendkäibemaksu mahaarvamist puudutav muudatus ka käibemaksuseadusesse (KMS). KMS § 30 lg 4¹ alusel käsitatakse sõiduauto ettevõtluses kasutamisena ka töötajate transporti elu- ja töökoha vahel tulumaksuseaduse § 48 lõikes 51 sätestatud tingimustel.

Ettevõtjatel tuleb olla tähelepanelik selles osas, et hoolimata sellest, et töötajate transpordiks tehtud kulutust loetakse ettevõtlusega seotud kulutuseks, ei tähenda see alati, et sellelt kulutuselt saab ka sisendkäibemaksu maha arvata.

Maksuhaldur selgitab. Selleks, et sisendkäibemaksu mahaarvamine oleks lubatud, peab KMS olema vastav konkreetne säte. Vastavalt KMS § 29 lõike 3 punktile 1 saab sisendkäibemaksuks lugeda käibemaksukohustuslase enda poolt teiselt käibemaksukohustuslaselt soetatud kauba või saadud teenuse eest tasumisele kuuluva käibemaksu. Kui äriühingu töötaja on ise ostnud elu- ja töökoha vahel sõitmiseks transpordipileti ning vastav kulu töötajale hüvitatakse, siis erisoodustust seejuures ei teki. Küll aga ei saa äriühing ikkagi sellise transpordipileti hinnale lisatud käibemaksu lugeda sisendkäibemaksuks ega seda maha arvata, kuna sõitjateveoteenuse saajaks ei ole käibemaksukohustuslane, vaid eraisik.

Maksuhaldur on aga seisukohal, et juhul kui maksukohustuslane tellib veofirmalt spetsiaalselt teenuse töötajate kodunt tööle ja tagasi transportimiseks ja arve väljastatakse transpordifirma poolt maksukohustuslasele, siis erisoodustust TuMS seaduse tähenduses ei teki ja ka nimetatud arve alusel saab sisendkäibemaksu maha arvata, sest arve on väljastatud maksukohustuslasele endale.